工務店とトラブルでもめています。引渡時の支払いを留保してもよいですか？

支払を留保することは妥当な対応ではありません。
支払を留保すれば支払いの不履行が新たなトラブルになります。
支払を留保した場合、支払を争点とした未払い残金請求訴訟を工務店から起こされることとなります。
未払い残金請求訴訟はほとんどの場合で工務店が勝訴します。
注意して下さい。
工務店には工事出来高費用の請求権があります。
この請求権を争点とした訴訟では工務店が負けることはありません。
工務店とのトラブルの対応では支払の留保をリンクさせるべきではありません。